בהתנגדות מטעם העותרים הלינו האחרונים על כוונת הועדה המקומית להפוך את שכונת גבעת חולון לשטח ציבורי פתוח וטענו, כי ניתן היה להותיר את בתי השכונה על כנם במסגרת פארק החולות אשר עתיד להיות מוקם על פי התכנית. עוד טענו העותרים להתעמרות ולהזנחה, משך שנים, מצד עיריית חולון והועדה המקומית, וזאת באמצעות יצירת קיפאון תכנוני ("מצור תכנוני", כלשונם) ואילוצם למגורים בתנאים בלתי אפשריים, תוך הזנחת התשתיות המשרתות את השכונה ותושביה. נטען גם להתנהלות פסולה מצד העיריה והועדה המקומית בעת קידומה של התכנית, ובכלל זאת להשמטת שם השכונה ממסמכי התכנית, הכל במטרה להתחמק מתשלום פיצויים לעותרים בגין התכנית (העתק ההתנגדות מטעם העותרים צורף כנספח ב' לעתירה).
בהתנגדות מטעם החברה להגנה הטבע נטען, כי התכנית מעמידה בסכנה מערכות אקולוגיות ובתי גידול הכוללים אוכלוסיות עשירות של צמחים ובעלי חיים, בהם מינים מוגנים, נדירים ובסכנת הכחדה. נטען, כי למרות ששימור שטח החולות נזכר בגדרי מטרות התכנית, הרי שהיקף השטח שיועד בתכנית ל"לב השמור" איננו מספק והוא עלול להמיט אסון על המערכת האקולוגית שבמקום. להתנגדות צורפה חוות דעת אקולוגית מטעמו של ד"ר עודד כהן.
ההתנגדות מטעם הועדה המקומית בת-ים התייחסה לשטח המצוי בצידה המערבי של דרך איילון, שגודלו כ-240 דונם (להלן: שטח ההתנגדות), המשמש כיום כאזור ספורט. שטח ההתנגדות מהווה כ-5% משטח התכנית והוא מצוי בתחום האורבני של העיר בת-ים, אך כלול בתחום שיפוטה של עיריית חולון. על פי היעוד העתידי אמור היה השטח לשמש כאזור מסחר, תעסוקה ומגורים. הועדה המקומית בת-ים טענה, כי שינוי ייעוד אזור הספורט לאזור מסחר ותעסוקה יגרום לפגיעה קשה באזור העסקים הקיים בתחום העיר בת-ים, הממוקם ממערב לתכנית, ויצור תחרות בלתי הוגנת עם שטחי התעסוקה בחולון.
ההתנגדויות ותשובת הועדה המקומית להתנגדויות נשמעו לפני הועדה המחוזית ביום 3.12.12, וביום 1.1.13 ערכה הועדה המחוזית סיור בשטח התכנית.
ביום 7.1.13 קיבלה הועדה המחוזית החלטת ביניים, שלפיה תשקול לשנות את התכנית המופקדת בהתאם למספר עקרונות, שהרלבנטי בהם לענייננו הוא ביטול השטח שביעוד "תכנון לעתיד", המצוי, כאמור, בחלק הדרומי של פארק החולות, שבו תוכננו בנייתן של 1,500 יח"ד, וזאת לטובת הרחבת שטח פארק החולות. בהתאם לכך, הורתה הועדה המחוזית לוועדה המקומית להגיש לעיונה, בתוך שלושה שבועות, תשריט מתוקן בהתאם לעקרונות האמורים, כאשר לאחר קבלת התשריט תשוב ותתכנס הועדה המחוזית.