לגופם של דברים, הרשם ציין כי –
"בנושא זה [תשלום המס – י.ע.] חלוקים הצדדים, המערערת טוענת באריכות ובעקביות כי הרפתן לא נשא בתשלומי מס עבור ההון שנגבה. לעומתה, ב"כ המשיבים מביא דוגמא אחת, ממנה עולה כי הרפתנים נשאו בתשלום המס, אם כי מופחת, לפחות בשנת 1987" (סעיף 120 לפסק הרשם).
בדבריו אלו מתייחס הרשם לשנת 1987, בה החליטה האגודה לחייב את הרפתנים בתשלום מס בגובה 8.33% עבור קרנות הרשומות במאזן האגודה, בהתאם לסעיף 129 לפקודת מס הכנסה. הרשם קבע כי בשנה זו הרפתנים אכן שילמו מס על השתתפות בהון מניות תנובה (הגם שמדובר בשיעור מס מופחת, הנמוך משיעורו של מס הכנסה ליחיד). ואולם, בנקודה זו חזר הרשם וקבע כי מאחר ש"ברור הוא שהרפתנים לא שילמו מכספם עבור הון תנובה היות ותמיד קיבלו את מחיר המטרה. גם אם אניח כי הרפתנים שילמו... את המס על אותו סכום שנקרא הון תנובה... אין בכך כדי להפכם לזכאים לכך שהון זה נצבר לזכותם" (שם, סעיף 123). ובהמשך: "כשהתברר על פי העדות, כי הרפתנים לא מימנו מכיסם את התשלום עבור ההון שנגבה מהם, אלא רק את המס על סכום זה, בחלק מהתקופה, השאלה היא, האם יש משמעות בכלל לעצם תשלום המס? האם הוא בהכרח הופך את ההשתתפות בהון לנכס מנכסי משלם המס? התשובה לכך היא שלילית" (שם, סעיף 126).
62. ראשית, עלי להודות כי הפכתי והפכתי בכתבי הטענות אשר הונחו בפנינו מטעם הצדדים, ולא עלה בידי לאתר את טענתה "הארוכה והעקבית" (כדברי הרשם בסעיף 120 לפסק דינו) של האגודה לפיה הרפתנים לא שילמו מס. הכנסתם החייבת של הרפתנים כללה את התמורה שקיבלו מתנובה עבור החלב ששיווקו דרך האגודה בניכוי הקומיסיון בלבד אך ללא הסכום אשר נוכה מחשבונם בגין ההשתתפות בהון המניות. קרי, הרפתנים שילמו על סכום זה מס הכנסה וחיובם בכרטיס האישי בגין הון מניות תנובה לא נחשב כהוצאה מוכרת לצרכי מס, אלא היה בגדר השקעה הונית שאינה ברת פחת. לדוגמה: אם הרפתן קיבל עבור תוצרתו, לאחר ניכוי הקומיסיון של תנובה והוצאות נוספות של האגודה (כמו הנהלת חשבונות), 90 אג' לליטר חלב, ובנוסף, שילם 1 אג' עבור השתתפות בהון מניות תנובה, הוא שילם מס הכנסה על 90 אג' ולא על 89 אג'. בנוסף, בשנת 1987, באופן יוצא מן הכלל, האגודה רשמה את מניות תנובה שנרכשו כ"קרן שמורה" על מנת ליהנות משיעור המס המופחת בגובה 8.33%, שאף אותו "גילגלה" על הרפתנים. מסקנתו של כב' הרשם בנקודה זו מבוססת שוב על נקודת המוצא כי הרפתנים לא שילמו מכספם עבור הון מניות תנובה וכפי שהובהר, קביעה זו בטעות יסודה. אכן, תשלום המס אינו מצמיח כשלעצמו זכאות לבעלות ביחידות ההשתתפות, אך העובדה שהרפתנים נשאו בנטל המס בגין ההשתתפות בהון המניות, בנוסף לכך שנשאו בעצם התשלום עבור ההשתתפות בהון המניות, מהווה אינדקציה נוספת לכך שמניות תנובה נצברו לזכותם.