החברה פנתה לבית משפט השלום באשדוד, בבקשה לביטול הצווים המינהליים שהוצאו נגדה (ב"ש 1826/04 (שלום אשדוד) א.א. החברה הישראלית לטיפול בפסולת בע"מ נ' אינג' צבי צילקר ועיריית אשדוד).
במסגרת ההליך הגיעו הצדדים להסכם פשרה (שקיבל תוקף של החלטה מיום 25.10.2004) (להלן: "הסכם הפשרה"). הוסכם כי החברה תחל מיד בגידור תא א' ותוציא מודד מוסמך לשם בדיקת רום המילוי בתא א'. הוסכם כי החברה תהא רשאית לחדש את העבודה בתא א' למחרת ההסכם, ובלבד שתעמוד בתנאי המשרד לאיכות הסביבה.
הוסכם כי היה ורום המילוי עומד על גובה העולה על הגובה המותר, תופסק עבודת החברה מיידית, ואם לא תעשה כן, יוטל עליה קנס יומי שיקבע בית המשפט.
כן הוסכם כי החברה תפסיק את העבודות באתר, גם במקרה שלא תושלם השלמת הגדר תוך 3 ימים, או שהמודד לא ישלים את המדידות תוך 3 ימים.
על פי הסכם הפשרה, החברה לא תעבור באתרים ב' ו-ג', ותשלים את תכנית השיקום לכל שלושת התאים ותבצע אותה לאחר קבלת אישורים (סעיף 8 להסכם הפשרה).
7. למחרת ההסכם, ביום 26.10.2004, נערך באתר סיור של מנהל מחוז דרום במשרד לאיכות הסביבה, שקבע כי האתר פועל בניגוד לתנאי המשרד ולתקנות למניעת מפגעים (מניעת זיהום אוויר וריח בלתי סבירים מאתרים לסילוק פסולת), התש"ן-1990, תוך יצירת מפגעים חמורים. מנהל מחוז דרום פנה לראש עיריית אשדוד וביקש כי יודיע לבית המשפט כי החברה מפרה את ההסדר, ויפעל להפסקת העבודה באתר לאלתר.
8. ביום 31.10.2004 הגישה עיריית אשדוד כתב אישום נגד החברה ונגד הנתבע 2, דוד אבו, בגין עבירות לפי חוק רישוי עסקים, תשכ"ח-1968 (עמ"ק 4332/04).
בד בבד הוגשה בקשה לאישור צו הפסקת עיסוק בעסק (ב"ש 1990/04). ביום 15.11.2004 אישר בית המשפט את צו הפסקת העיסוק מיום 1.11.2004. להשלמת התמונה יצויין כי ערעור הנתבעים על החלטה זו נדחה בפסק דין של בית המשפט המחוזי בבאר שבע, בע"פ 747/04, שניתן ביום 13.4.2005.
9. במקביל, ביום 1.11.2004, שלחה רמ"י לחברה מכתב לפיו מבדיקת מפקח מיום 28.10.2004, עולה כי החברה ממשיכה להטמין פסולת באתר, לרבות פסולת אורגנית וגזם, וכי ההטמנה מבוצעת אף מחוץ לשטח ההרשאה, וכן היא מבצעת כרייה בלתי חוקית של חול בשטח. נכתב כי פעולות אלה מהוות הפרה בוטה ויסודית של הסכם ההרשאה, והן מנוגדות לתכנית השיקום של האתר, לתנאי המשרד לאיכות הסביבה, להיתר שניתן על ידי הוועדה המקומית לתכנון ובנייה, ולהסכם הפשרה שקיבל תוקף של החלטה.
במכתב נמסר כי לאור האמור, מודיעה רמ"י על ביטול חתימתה על תכניות השיקום שהגישה החברה, ועל חילוט הערבות הבנקאית שמסרה להבטחת התחייבויותיה על פי הסכם ההרשאה. החברה נדרשה להפסיק לאלתר כל עבודה או הטמנה בשטח, לסלק ידה מהשטח ולהשיב את החזקה בו לרמ"י. הובהר כי אין במכתב כדי לגרוע מטענות רמ"י כלפי החברה, לרבות לעניין תשלום דמי שימוש בגין הטמנת הפסולת בשטח, ולעניין הדרישה להסדרת השטח בהתאם להוראות הסכם ההרשאה, ככל שיידרשו לאחר ביצוע הבדיקות הנדרשות על ידי הגורמים המוסמכים.