עם זאת, על אף שהמחוקק ראה לנכון להקל על חברות תעשייתיות ולמנוע את קיפוחה של "יחידה כלכלית" אחת הפועלת באמצעות שתי חברות, לא היה בכוונתו להעניק לחברות הבוחרות לפעול במסגרת תאגידית מפוצלת יתרון בשל כך. כוונת המחוקק לעניין זה נלמדת מסעיף 26 לחוק עידוד התעשייה, העוסק ב"קביעת כללים" על ידי השר, ונועד לאפשר לשר האוצר להתאים את מנגנון הדוחות המאוחדים למציאות המתפתחת ולקשיים העולים מיישום החוק:
קביעת כללים
- שר האוצר רשאי לקבוע בתקנות כללים לענין פרק זה ובמיוחד בדבר –
(1) הגבלת סכום ההפסדים של חברת הבת המותרים לקיזוז כנגד הכנסותיה של חברת האם, עד לסכום ההשקעה של חברת האם בחברת הבת;
(2) חיוב חברת האם בשל חובות שנמחלו לחברת הבת בעת ניתוקה מחברת האם, או בעת פירוקה, וקוזזו בעבר;
(3) הוספת סכום הפסדים של חברת הבת שהותרו לקיזוז כנגד הכנסות חברת האם על סכום התמורה לענין ריווח הון לפי חלק ה' לפקודה;
--- סוף עמוד 17 ---
(4) דחיית שומת המס או גבייתו ודחיית קיזוז ההפסדים בשל עסקאות שבין החברות שהגישו דו"ח מאוחד, הכל כפי שיפורט בתקנות;
(5) חישוב המס בהתחשב בחלוקת דיבידנד בין החברות שהגישו דו"ח מאוחד.
הגם שטרם נעשה שימוש בסעיף, בדברי ההסבר לחקיקתו (דברי הסבר לסעיף 25 [כיום סעיף 26 – י"ע] להצעת חוק עידוד התעשיה (מסים), התשכ"ט-1969, ה"ח 276, 287), מובהר כי הרעיון המנחה בקביעת הכללים הוא למנוע את קיפוחה של יחידה כלכלית אחת הפועלת במסגרת משפטית מפוצלת, אך "עם זאת, אין גם הצדקה שכתוצאה מכך יצמח איזה יתרון כלכלי" בשל כך. כאמור, המחוקק הסמיך את שר האוצר לקבוע כללים לגבי "חישוב המס בהתחשב בחלוקת דיבידנד בין החברות שהגישו דו"ח מאוחד". אך אין להסיק מהיעדר כללים שלא הותקנו כאמור, הוראת פטור הגוברת על ההוראה המפורשת הקבועה בסעיף 47(ב) לחוק השקעות הון.
כמו כן, באשר לעסקאות פנימיות בין חברה-אם לחברה-בת, מוסבר כי המגמה היא, מחד גיסא, לא להטיל מס על הכנסה שטרם מומשה על ידי הגוף הכלכלי המאוחד (לדוגמה, כאשר חברה אחת מוכרת לחברה אחרת חומר גלם למוצר מוגמר שטרם נמכר), ומאידך גיסא, למנוע ניצול לרעה של האפשרות להגשת דוח מאוחד (ראו דברי ההסבר להצעת חוק עידוד התעשיה, בעמ' 287). ראיה נוספת לכוונת המחוקק מצויה בסעיף 24 לחוק עידוד התעשייה, שאינו פוטר מהחובה להגשת דוח נפרד לכל חברה, ומאפשר לגבות את חוב המס מכל אחת מהחברות.