אחת מצורות ההתאגדות הרווחות במרחב העסקי בישראל הינה השותפות, הנבחרת על ידי בעלי עסקים רבים כחלופה המועדפת עליהם לניהול עסקים רבים, קטנים כגדולים. לעתים, בעלי עסקים נחשבים כשותפות (שלא לצורכי מס) במחדל, באשר פקודת השותפויות קובעת כי שני אנשים או יותר המנהלים עסק למטרת רווח ואשר אינם מאוגדים בדרך אחרת לפי חוק נחשבים לשותפות. ההתאגדות במסגרת שותפות טומנת בחובה יתרונות רבים, המוצאים ביטויים בגמישות ובמהירות בתהליכי קבלת החלטות, פשטות וגמישות ניהולית ואדמיניסטרטיבית והיעדר כמעט מוחלט של חובות רגולאציה. מצד שני, אותה גמישות גם טומנת בחובה חסרונות גדולים, אשר קצרה יריעת מאמר זה כדי לכסותם.
זאת ועוד, גם דיני מיסוי שותפויות אינם נוחים ופשוטים. ראשית, האמירה הרווחת לפיה השותפות הינה ישות "שקופה" לצורכי מס אינה מדויקת. כוונת האמרה הינה כי דיני המיסים מתעלמים מהמבנה התאגידי של השותפות ואינם מטילים כל חבות מס על השותפות כישות עצמאית. למרות פופולאריות האמירה, היא רחוקה מלשקף את המציאות ושקיפות השותפות לצורכי מס אינה מוחלטת. למשל, פקודת מס הכנסה קובעת הפרדה דיווחית בין השותפות לבין השותפים ודורשת מינוי "ראש שותפים" החייב בהגשת דיווח שנתי על רווחי השותפות, בנפרד מדיווחי השותפים. המשמעות היא כי רשות המיסים תוכל להתערב הן בדיווח השנתי ברמת השותפות והן בדיווחים בהם מחויב כל שותף בגין הכנסותיו מן השותפות. מעבר לכך, "שקיפותה" החלקית של השותפות אינה פועלת תמיד לטובתו של הנישום, היות ולעיתים עשויות הכנסות השותפות להיות מחויבות בשיעורי מס נמוכים, אולם עם ייחוסן לשותף ובהיעדר תכנון מוקדם וקפדני, הוא "מקנה" להן שיעורי מס גבוהים יותר.
שנית, הגדרת שותפות שונה בפקודה מההגדרה המשפטית הקבועה בפקודת השותפויות. הפער מקים סיכון לפיו שותפות לפי פקודת השותפויות לא תוכר על ידי רשות המיסים לעניין חיובה במס. זאת, בהצטרף לסמכויות נוספות של רשות המיסים מכוח הוראות מיסוי שותפויות, מייצר חשיפה מורכבת לנישומים. כך למשל, מוסמכת רשות המיסים במידה ואינה מכירה בגוף מסוים כשותפות לצורכי מס, לחייב שותף אחד לבחירתה בחבות המס הכוללת בגין הכנסות השותפות.
שלישית, מוסמכת הרשות לחייב שותף במס על הכנסות שלא התקבלו אצלו בפועל. זאת, מבני הוראות הדיווח על הכנסות השותפות והעובדה כי לעיתים אין שותף מקבל בפועל את מלוא ההכנסות להן הוא זכאי באופן תיאורטי,לאור הסכמים פנימיים בשותפות ובהיעדר תכנון נכון הוא עשוי להיות מחויב במס בהתאם לחלקו התיאורטי. גרוע מכך, רשות המיסים מוסמכת לחלוק על חלקו המוצהר של נישום בשותפות ולחייבו במס גבוה יותר לפי שיעור שיקבע פקיד השומה בהתאם לסמכותו.
רביעית, על פי הפסיקה מחויבת רשות המיסים למסות מכירת חלקו של שותף בשותפות כאירוע הוני, המחויב בשיעורי מס נמוכים. נישומים אשר אינם מודעים לכך, עשויים לשלם מס גבוה יותר על מכירות מעין אלו הנעשות ללא תכנון קפדני. מעבר לכך, על רקע זו נוצרות לעיתים קרובות מחלוקות רבות עם פקיד השומה בשל אירועים שונים במהלך חיי השותפות שאינם עולים לגדר מכירה כפשוטה, בהם ינסה פקיד השומה לחייב לפי שיעורי המס הגבוהים, לא תמיד בצדק.
אשר על כן, מקובל בשנים האחרונות לפנות לרשות המיסים במסגרת פרה-רולינג ולהסדיר בהסכמה את מיסוי השותפות. ההליך מייצר וודאות ביחס לשיעורי המס ועל פי רוב יש בו גם בכדי לחסוך מס רב. מומלץ אם כן לפנות לעו"ד המתמחה בתחום דיני המיסים על מנת לשקול כדאיות פניה כאמור. גם ככל שלא מבוצעת פניה כאמור, חשוב להתייעץ עם עורך דין המתמחה בדיני מסים על מנת להימנע מתאונות מס כתוצאה מתכנון לא נכון (או העדר תכנון כלל) של מבנה השותפות.