9. משנקבע כי סילוק ידה של טר ארמה מן הפרויקט נעשה כדין, נפנה בית המשפט המחוזי להכריע בתביעות הכספיות ההדדיות שהונחו לפניו. בית המשפט המחוזי בחן בפירוט את כלל ראשי הנזק שנתבעו בכל אחת מן התביעות והסתייע בחוות דעתו של המומחה בכל הנוגע לסוגיות שבמומחיות. בהמשך לכך פסק כדלהלן:
אשר לתביעתה של טר ארמה – בית המשפט המחוזי קיבל באופן חלקי את התביעה ברכיב הנוגע לעבודות שאושרו על-ידי משרד הביטחון, קרי ההפרש שבין החשבון הסופי המאושר לסכומים ששולמו בפועל (סך של 1,046,808 ₪). כן התקבלו באופן חלקי רכיבים נוספים בתביעתה של טר ארמה, שעניינם בעבודות שונות שביצעה ותשלומים שונים ששילמה אשר לא אושרו על-ידי משרד הביטחון (סך של כ-740,000 ₪). בית המשפט המחוזי הוסיף וקיבל את תביעתה של טר ארמה בכל הנוגע לחילוט ביתר של ערבות בנקאית שהופקדה על-ידה (סך של 230,514 ₪), וכן את תביעתה בגין ציוד שבבעלותה אשר נשאר באתר ונעשה בו שימוש על-ידי קבלני המשנה שהשלימו את הפרויקט (סך של 480,000 ₪). בצד האמור, דחה בית המשפט המחוזי את תביעתה של טר ארמה לאובדן רווח בקובעו כי הפרויקט היה על גבול הרווחיות, והיא "אינה זכאית לפיצוי בגין אובדן רווחים שלא היו אמורים להיות ברשותה". בית המשפט המחוזי הוסיף ודחה את תביעת טר ארמה לפיצוי בגין הפסקת עבודתה על-ידי משרד הביטחון, משנמצא כי העבודה הופסקה כדין, וכן דחה את תביעתה לפיצוי בגין פגיעה במוניטין משלא הוכחה פגיעה כאמור. בית המשפט המחוזי קבע כי שקלול רכיבי התביעה שהתקבלו מזכה את טר ארמה בסכום כולל בסך של 2,500,375 ₪.
אשר לתביעתו של משרד הביטחון – בית המשפט המחוזי קיבל באופן חלקי את תביעת משרד הביטחון לפיצוי בגין עלויות עודפות (סך של 816,779 ₪), וכן התקבלה בחלקה תביעתו בעניין הפחתת עלויות בגין חסרונם היחסי של בעל תפקידים שונים שהיה על טר ארמה להעמיד במהלך הפרויקט (סך של 173,620 ₪). בנוסף התקבלה תביעתו בגין הכנת החשבון (סך של 10,393 ₪); ותביעתו לפיצוי מוסכם בגין תקופת האיחור שנגרמה על-ידי טר ארמה על פי סעיף 00.40 למסמך ג1 (סך של 450,000 ₪). לצד האמור, נדחתה תביעת משרד הביטחון להוצאות ניהול מתמשך בהעדר עיגון חוזי לכך, וכן תביעתו ל'הוצאות משרדיות' לפי סעיף 63(3)(א) להסכם המדף. בית המשפט המחוזי הכיר, אפוא, בנזקים ברי פיצוי של משרד הביטחון בסכום של 1,450,792 ₪.
10. כאמור, תביעתו של משרד הביטחון לפיצוי בגין 'הוצאות משרדיות' בשיעור 12% מהוצאות השלמת הפרויקט, בהתאם לסעיף 63(3)(א) להסכם המדף – נדחתה. זאת בניגוד לעמדתו של המומחה מטעם בית המשפט אשר מצא את הדרישה מוצדקת וסבר כי יש לחייב את טר ארמה בסכום של 3,990,251 ₪ (12% מהוצאות השלמת הפרויקט בסך 33,252,092 ₪). בית המשפט המחוזי קיבל את טענתה של טר ארמה, לפיה תביעת משרד הביטחון ל'הוצאות משרדיות' מהווה שימוש "חסר תום לב ושלא כדין" בהוראות הסכם המדף, זאת מן הטעם ש"הוצאות השלמת המבנה כללו את כל ההוצאות המשרדיות הקשורות לעלות כוח אדם של עובדי משרד הביטחון". בית המשפט המחוזי הוסיף וקבע כי סעיף 63(3)(א) להסכם המדף, על פי לשונו ותכליתו, הוא בבחינת פיצוי מוסכם, הגם שהדבר לא נאמר במפורש. כן עמד על הכלל ולפיו ניתן לתבוע פיצויים מוסכמים במצטבר לנזק מוכח, כל אימת שמדובר בראשי נזק שונים. בית המשפט המחוזי קבע כי במקרה דנן ההוצאות המשרדיות שנתבעו מחד, וההוצאות בגין עלויות עודפות שנפסקו מאידך, הן בבחינת ראשי נזק זהים ואין לפסוק בגינם כפל פיצוי. בית המשפט המחוזי הוסיף וציין שהסכום הנתבע בגין הפיצוי המוסכם עולה כמעט כדי פי חמישה מהנזק המוכח בגין השלמת המבנה, וכי בנסיבות אלה חובת ההגינות המוגברת המוטלת על משרד הביטחון כרשות ציבורית, שוללת את זכותו לקבלת פיצוי העולה על סכום הנזק המוכח בגין העלויות העודפות, גם אם הוא זכאי לכך לפי הוראות החוזה.