רבים סבורים בטעות שעדיף לרכוש בעסקת רכישת חברה את פעילות החברה ולא את החברה עצמה ובכך להימנע מסיכון של נטילת חובות החברה. על ידי כך, סבורים משום מה רבים, ניתן לחסוך (והם גם "חוסכים" זאת על ידי שימוש בעורכי דין שאינם בקיאים בתחום המיזוגים והרכישות) עלויות עסקה גבוהות באשר ניתן לבצע הסכם פשוט יחסית ואין צורך בבדיקה מקיפה של החברה. חיסכון זה מתבטא לעתים רבות לאחר מכן בהפתעות, ולא מהסוג שאנשים אוהבים לקבל.
רכישת נכסי חברה במקום רכישת החברה עשויה לעתים להיות נדרשת (למשל, כשלא ניתן לקבל את הסכמת כל בעלי המניות ולכן מעדיפים לרכוש את הנכסים והפעילות באמצעות החלטת רוב או כשיש הלוואות בעלים גדולות והפסדים צבורים בחברה וכך בעלי המניות יוכלו למכור את הפעילות עם מיסוי אפסי) או כשקיימות סיבות שלא לקחת את הכלי התאגידי. לרכישת נכסים ללא רכישת הכלי התאגידי קיימים חסרונות רבים, למשל, חוסר יכולת להשתמש בהפסדים צבורים, אובדן מספר ספק משרד הבטחון או היתרים אחרים שלא בטלים בעת העברת השליטה בחברה (ונציין, רשיון עסק והיתרים אחרים עשויים להיות בטלים גם במקרה של העברת שליטה בחברה עצמה), או מיסוי גבוה כשבבעלות החברה נכסי מקרקעין.
תחום נוסף בו מכירת נכסים אינו מסייע הוא תחום דיני העבודה. פסק דין שניתן לאחרונה בבית הדין לעבודה חשף טעות נפוצה אחרת של רוכשי חברות, הסבורים כי בעסקת רכישת נכסים אין אחריות לחבויות עבר לעובדים. באותו מקרה דובר על עובדת בתחילת הריונה שעם מכירת פעילות החברה הועברה לחברה הרוכשת אך פוטרה לאחר כשבועיים. למרות שכל העובדים פוטרו וקיבלו פיצויי פיטורים טרם הרכישה ולמרות שהסכם הרכישה קבע במפורש כי הרוכשת לא נוטלת על עצמה מחויבויות עבר לעובדים - חויבה הרוכשת בתשלום פיצויים לעובדת.
תחום נוסף בו סבורים בטעות רבים שעסקת רכישת נכסים תסייע הינו תחום האחריות לרשויות המס, מכיוון שהתחייבויות אלה הן התחייבויות של החברה עצמה ומכירת פעילותה לכאורה אינה מעבירה את החובות. רבים אינם מודעים לקיום סעיף 119א לפקודת מס ההכנסה הישראלית הקובעת, כי אם נמכרו נכסי חברה ללא תמורה או בתמורה חלקית בלי שנותרו לחברה אמצעים לתשלום חובות לרשות המסים, עשוי רוכש הנכסים להיות חב אישית לרשות המסים בגין חובות החברה.
לסיכום, עסקת רכישת חברה הינה תמיד עסקה מורכבת ובחירת מבנה העסקה צריכה להיות לאחר ביצוע בדיקת נאותות מקיפה, משפטית ומיסויית, על ידי עורכי דין ורואי חשבון בעלי ניסיון בתחום המיזוגים והרכישות ולא מומלץ לבחור מבנה עסקה מסוים כדי "לחסוך עלויות" של בדיקות אלה. רק מומחים בתחום יוכלו "לתפור את החליפה המתאימה" ביחס לשיקולים הייחודיים של הצדדים לעסקה ובהתאם לעדיפויותיהם והפעם דווקא כן לחסוך עלויות והפסדים, ישירים ועקיפים, שייגרמו ממבנה עסקה לא נכון.