2. הצדדים התייחסו בטענותיהם לשלוש פרשות מעברו של דרעי, המוכרות בציבור בכינויים "התיק האישי"; "התיק הציבורי"; ופרשת "בר-און חברון". עניינו של "התיק האישי" בעבירות שביצע דרעי בשנים 1990-1984 בעת שכיהן בתפקידים ציבוריים בכירים במשרד הפנים, ובהם תפקיד שר הפנים. בכתב האישום יוחסו לדרעי לקיחת שוחד וניצול של תפקידו על מנת לקדם את ענייניה של עמותה שהוא ניהל בעברו וזאת, בין היתר, בדרך של קבלת כספים במרמה מן הקופה הציבורית.
לאחר שהוחלט על הגשת כתב האישום ב"תיק האישי" ומשסירב ראש הממשלה דאז להעביר את דרעי מתפקידו כשר הפנים בהתאם לסעיף 21א לחוק-יסוד: הממשלה (כנוסחו אז), הוגשו עתירות בעניין זה לבית משפט העליון, וביום 8.9.1993 נקבע, פה אחד, שעל ראש הממשלה להורות על העברתו של דרעי מכהונתו (בג"ץ 3094/93 התנועה למען איכות השלטון נ' ממשלת ישראל, פ"ד מז(5) 404 (1993) (להלן: עניין דרעי הראשון)). בהקשר זה צוין כי לנוכח חומרת העבירות המיוחסות לדרעי, אי-הפעלת סמכות ראש הממשלה להעבירו מתפקידו נגועה באי-סבירות קיצונית. בעקבות פסק הדין, התפטר דרעי מתפקידו.
3. בשנת 1999 הרשיע בית המשפט המחוזי בירושלים את דרעי בעבירה של לקיחת שוחד בסכום כולל של 155,000 דולר; בשלוש עבירות של מרמה והפרת אמונים; וכן בעבירה של קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות. בגין עבירות אלה נגזרו על דרעי ארבע שנות מאסר בפועל וקנס בסך 250,000 ש"ח או עשרה חודשי מאסר תמורתו (ת"פ (מחוזי י-ם) 305/93 מדינת ישראל נ' דרעי, פסקה 18 (15.4.1999) (להלן: גזר הדין בתיק האישי)). דרעי ערער על הכרעת הדין וגזר הדין לבית המשפט העליון, אשר קיבל חלקית את הערעור, זיכה את דרעי באחת מעבירות המרמה והפרת האמונים שבהן הורשע, וצמצם את היקף הרשעתו בעבירת השוחד ובעבירה נוספת של מרמה והפרת אמונים (ע"פ 3575/99 דרעי נ' מדינת ישראל, פ"ד נד(2) 721 (2000)). בהתחשב בכך וכן בהינתן התמשכותו של ההליך הפלילי בעניינו של דרעי, הופחת עונשו של דרעי והועמד על שלוש שנות מאסר. בחודש יולי 2002 שוחרר דרעי מכלא מעשיהו, לאחר ריצוי שני-שלישים מתקופת מאסרו.
4. ב"תיק הציבורי" הורשע דרעי בעבירה של הפרת אמונים בשל מעשים שביצע בשנת 1989 בהיותו שר הפנים, כאשר פעל להסדרת תמיכה בסך של 400,000 ש"ח בעמותה שנוהלה על ידי אחיו, והקרויה על שם חותנו וחותנתו ז"ל, באמצעות עיריית ירושלים. בתיק זה נגזרו על דרעי שלושה חודשי מאסר על תנאי וקנס בסך 10,000 ש"ח או 15 ימי מאסר תמורתו (ת"פ (שלום י-ם) 1872/99 מדינת ישראל נ' דרעי (20.11.2003)).