5. הפרשה השלישית – "פרשת בר-און חברון" – עניינה בחשד שדרעי עשה שימוש בכוחו הפוליטי והתנה את תמיכתה של ש"ס בהסכם מדיני הידוע בכינויו "הסכם חברון", בכך שעו"ד רוני בר-און ימונה לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה. זאת, על פי הנטען, כדי שבר-און יקדם חתימה על עסקת טיעון שתיטיב עם דרעי בפרשת "התיק האישי". המלצת פרקליטת המדינה להעמיד את דרעי לדין בעבירות של מרמה והפרת אמונים, סחיטה באיומים ושיבוש מהלכי משפט, בכפוף לשימוע שייערך לו ולהסרת חסינותו, אומצה על ידי היועץ המשפטי לממשלה דאז בחודש אפריל 1997, ואולם בסופו של יום הורה היועץ המשפטי לממשלה על סגירת התיק. זאת, נוכח הרשעתו של דרעי ב"תיק האישי" והתקדמות ההליכים נגדו ב"תיק הציבורי". בהודעת היועץ המשפטי לממשלה על סגירת התיק, צוין כי "היועץ המשפטי לממשלה ופרקליטת המדינה ראו בחומרה, אז כהיום, חשד לעסקה פוליטית למינוי יועץ משפטי שיהא להנחת דעתו של נאשם במשפט פלילי".
6. בשנת 2013, כעשור לאחר שסיים לרצות את עונש המאסר בגין "התיק האישי" ושב לחיים הפוליטיים, נבחר דרעי לכהן כחבר בכנסת ה-19 מטעם ש"ס. בשנת 2015, לאחר הבחירות לכנסת ה-20, מונה דרעי לשר הכלכלה והשר לפיתוח הנגב והגליל בממשלה ה-34. עתירה שהוגשה נגד מינויו של דרעי לשר נדחתה (בג"ץ 3095/15 התנועה למען איכות השלטון בישראל נ' ראש ממשלת ישראל (13.8.2015) (להלן: עניין דרעי השני)). בית המשפט ציין כי דרעי עומד בהוראות סעיף 6(ג) לחוק-יסוד: הממשלה, אשר קבע "תקופת המתנה" של שבע שנים מעת סיום ריצוי עונש המאסר בטרם יוכל אדם להתמנות לשר. עוד נקבע כי אף שניתן לומר כי בשל עברו הפלילי של דרעי מינויו "מצוי על גבול מתחם הסבירות" (שם, בפסקה 23), אין מקום להתערב במינוי. זאת, בין היתר, בהתחשב בשיקול הדעת הרחב המסור לראש הממשלה בעניינים אלה ובפרק הזמן שחלף מביצוע העבירות ומסיום ריצוי העונש.
ביום 1.11.2015 הודיע דרעי על התפטרותו מתפקיד שר הכלכלה, וביום 10.1.2016 התקבלה החלטת ממשלה למנותו לתפקיד שר הפנים (לצד תפקיד השר לפיתוח הנגב והגליל). מינוי זה אושר בכנסת למחרת היום. עתירה שהוגשה לבית משפט זה נגד המינוי בטענה כי טמונה חומרה מיוחדת בכך שהעבירות שבהן הורשע נעברו, בין היתר, בעת הפעלת סמכויותיו של דרעי כשר הפנים – נדחתה אף היא, בדעת רוב (בג"ץ 232/16 התנועה למען איכות השלטון בישראל נ' ראש ממשלת ישראל (8.5.2016) (להלן: עניין דרעי השלישי); השופט ס' ג'ובראן בהסכמת השופט י' דנציגר, כנגד דעתו החולקת של השופט נ' הנדל)).