3. משהפערים האמורים לא באו על תיקונם, כך לפי טענת משרד הביטחון, שלח משרד הביטחון לטר ארמה ביום 15.7.2015 "הודעה על סילוק יד" בהתאם להוראת סעיף 63 להסכם המדף, בה צוין כי נכון לאותו מועד קיים פיגור של כ-3 חודשים בהשוואה ללוח הזמנים החוזי, וכי התנהלות זו גורמת למשרד הביטחון נזק כבד משנמצא שהפרויקט לא יושלם במועד. משרד הביטחון הוסיף וציין במכתבו כי בוצעו על-ידי טר ארמה "עבירות ביטחון" שונות ומתמשכות שאף הן מצדיקות את סילוק ידה מן הפרויקט. במכתבה מיום 16.7.2015 דחתה טר ארמה את הודעת הסילוק, וטענה כי ההודעה האמורה עולה כדי שימוש לרעה בזכות וכדי הפרה יסודית של החוזה. עם סילוק ידה של טר ארמה מן הפרויקט, נטל משרד הביטחון על עצמו את האחריות לביצוע הפרויקט, והתקשר באופן ישיר עם קבלני המשנה של טר ארמה ועם בעלי מקצוע ונותני שירותים נוספים, עד להשלמתו של הפרויקט.
4. לימים, הגישו הצדדים תביעות הדדיות על הפרת ההסכם – אשר התבררו במאוחד – הן התביעות שנדונו בפסק הדין מושא הערעורים שלפנינו.
תביעת טר ארמה נגד משרד הביטחון הוגשה ביום 24.1.2016 ובה נטען להפרת ההסכם על-ידי משרד הביטחון, ונתבקש סעד הצהרתי הקובע כי היא סולקה מן הפרויקט שלא כדין. כן נתבעו סעדים כספיים בסכום של 8,002,484 ₪. סכום זה כלל, בין היתר, תשלום של כ-2 מיליון ₪ בגין עבודות שונות שבוצעו על-ידי טר ארמה וטרם שולמה עבורן התמורה; סכום של כ-230 אלף ₪ בגין חילוט ערבות בנקאית שלפי הנטען בוצע ביתר; סכום של כ-670 אלף ₪ בגין רכוש שלפי הנטען "נלקח" על-ידי משרד הביטחון ולא הוחזר לטר ארמה; פיצוי בסך של כ-3 מיליון ₪ עבור אובדן רווח; ופיצוי לא ממוני בסך מיליון ₪ בגין פגיעה במוניטין.
תביעת משרד הביטחון נגד טר ארמה הוגשה ביום 21.6.2017 ובה נטען להפרת ההסכם על-ידי טר ארמה, ונתבקש לחייבה בנזקים שנגרמו למשרד הביטחון בסכום של 8,295,462 ₪. סכום זה כלל, בין היתר, סך של כ-2 מיליון ₪ בגין העלויות העודפות בהן נשא משרד הביטחון לצורך השלמת הפרויקט (ההפרש בין עלות הפרויקט בפועל לבין שכר החוזה לפי הצעת טר ארמה; להלן: עלויות עודפות); פיצוי בסך של כ-4.8 מיליון ₪ בגין 'הוצאות משרדיות' לפי סעיף 63(3)(א) להסכם המדף; פיצוי מוסכם של 450 אלף ₪ בגין 90 ימי עיכוב הפרויקט בהתאם למסמך ג1; פיצוי מוסכם בסך של כ-350 אלף ₪ בגין ניהול מתמשך לאורך 3 חודשים בהתאם להסכם המדף; תשלום של כ-10,000 ₪ בגין עריכת חשבון סופי; ופיצוי בסך של כ-600 אלף ₪ בגין הפחתות תשלום עקב הפרות ההסכם על-ידי טר ארמה במהלך תקופת עבודתה בפרויקט.