ביום 26.12.2021 הוגש הסדר הטיעון לאישורו של בית משפט השלום בירושלים (ת"פ (שלום י-ם) 56231-12-21)).
9. עתירה שהוגשה נגד הסדר הטיעון, בטענה כי היה על היועץ המשפטי לממשלה להודיע שבדעתו לבקש מבית משפט השלום בירושלים לקבוע שיש בעבירות שביצע דרעי משום קלון, נדחתה (בג"ץ 8954/21 התנועה למען איכות השלטון בישראל נ' היועץ המשפטי לממשלה (17.1.2022) (להלן: בג"ץ 8954/21)). בית המשפט ציין כי ככל שדרעי יתפטר מהכנסת לפני הדיון בהליך הפלילי, לא תהיה תחולה לסעיף 42א(א) לחוק-יסוד: הכנסת – לפיו "חבר הכנסת שהורשע בפסק דין סופי בעבירה פלילית, וקבע בית המשפט, ביוזמתו או לבקשת היועץ המשפטי לממשלה, שיש עם העבירה קלון, תיפסק חברותו בכנסת ביום שפסק הדין נעשה סופי", ובמקרה כזה – כך הוסיף בית המשפט וקבע שם – לא תהיה לבית המשפט הדן בהליך הפלילי הסמכות לקבוע אם יש בעבירות משום קלון. בית המשפט ציין בפסק הדין שניתן בעתירה כי הוא רשם לפניו את התחייבות היועץ המשפטי לממשלה ולפיה ככל שדרעי לא יתפטר מהכנסת, הוא יביע את עמדתו בעניין הקלון.
10. ביום 23.1.2022 התפטר דרעי מהכנסת ובדיון שהתקיים יומיים לאחר מכן בבית משפט השלום בעניין עבירות המס, הורשע דרעי על פי הודאתו ובהתאם להסדר הטיעון, בעבירות שיוחסו לו בכתב האישום. לאחר מכן, ועוד באותו היום, השמיעו הצדדים טיעונים לעניין העונש. במסגרת זו עמד בא כוחו של דרעי על כך שדרעי לקח אחריות על מעשיו והתפטר מהכנסת, אף ש"זה מטה לחמו לאחר 9 שנים כח"כ וכשר, הוויתור שלו יכול להיות במיליוני שקלים צריך לחפש מאיפה להביא פרנסה עכשיו" (עמ' 11 לפרוטוקול הדיון מיום 25.1.2022). בהמשך הוסיף דרעי עצמו ואמר בפני בית המשפט "החלטתי שאני לא רוצה לחזור למה שהיה לפני 20 ו-30 שנה ורוצה להמשיך עם הזמן שנשאר לי להשקיע בצרכי ציבור בלי לערב את המלחמות הללו ולהמשיך לייצג את השכבות והציבור שאני מייצג בצורה אחרת גם אם לא מהכנסת" (שם, בעמ' 13).
11. ביום 1.2.2022 אישר בית משפט השלום בירושלים את הסדר הטיעון עם דרעי (הנשיא ש' הרבסט). בית המשפט עמד על ההלכות הנוגעות לאישור הסדרי טיעון על ידי בתי המשפט, וקבע כי אין מקום להתערב בהסדר הטיעון שהוגש לאישורו. בית המשפט הוסיף וקבע כי מעשיו של דרעי מנעו משלטונות המס לשום באופן נכון את המס, אך הדגיש כי חלקו בביצוע העבירות היה פאסיבי וכי יש לזקוף לזכותו, בין היתר, את העובדה שהחקירה בעניינו נמשכה כשבע שנים ואת העובדה שהתיק נפתח עם חשד לעבירות שחיתות שלטונית, אך הסתיים באישום בעבירות מס "המצויות ברף התחתון של משפחת עבירות זו" (ההדגשה במקור). עוד ציין בית המשפט כי התפטרותו של דרעי, אף שעל פני הדברים אינה קשורה באופן ישיר להליך הפלילי, היא נסיבה חשובה שיש להביא בחשבון. בית המשפט הדגיש בהקשר זה שני טעמים: האחד – כי דרעי בהיותו "איש ציבור מזה כשנים רבות, מדיר עצמו מעתה מרצון מעיסוק בצרכי ציבור", וכי נדמה "שהמאשימה עצמה רומזת [...] כי היא רואה בכך חלק מן העונש אשר אותו הטיל הנאשם על עצמו". והשני – נוגע למישור המניעתי ולפיו "כל החושש מן הנאשם ומפגיעתו בקופה הציבורית ויטען כי קיימת בו מסוכנות בכל הכרוך במשאו ובמתנו בענייני ממון הרבים או היחיד – יוכל למצוא מנוח לחשש זה ולומר בוודאות כי הנאשם לא ייגע עוד בצרכי ציבור הכורכים בתוכם עיסוק כלכלי, וזאת בשל התרחקותו מהזירה הציבורית".