19. באשר למועד להעלאת טענת הגנת היתרה, בעניין רובינשטיין נפסק כי אף שככלל, על הנפקע להעלות טענה לתחולת הגנת היתרה כבר בשלב הפקדת התכנית ובמסגרת ההתנגדויות לה, ניתן להעלות טענת הגנת היתרה גם בשלב ההפקעה. זאת, נוכח חשיבותה של זכות הקניין; משום שבמקרים רבים בעל המקרקעין אינו יודע בשלב הפקדת התכנית על כך שהמקרקעין שבבעלותו מיועדים להפקעה; ובשים לב לתקופת ההתיישנות הקצרה של שלוש שנים (הקבועה כאמור בסעיף 197(ב) לחוק) – הכל בכפוף לעקרונות כלליים של שיהוי, תום לב והסתמכות (שם, בעמ' 657-656; ראו גם עניין ויינברג, פסקה 19).
20. כעת לשאלה מהו היקף הפיצוי שישולם לנפקע כאשר מתקבלת טענת "הגנת היתרה". גם בעניין זה חלו תמורות בפסיקה. בעניין לב הגליל נפסק כי על הרשות לפצות את בעל המקרקעין לא רק בגין הפגיעה ביתרת החלקה (החלק שלא הופקע), אלא גם בגין הפגיעה שנגרמה לחלק שהופקע בשלב התכנית שייעדה אותו להפקעה. כפי שצוין בפרשה זו, "לכאורה פיצוי בגין פגיעה כזו היה על בעל המקרקעין לתבוע במסגרת תקופת ההתיישנות שחלה על סעיף 197 לחוק התכנון והבניה, דהיינו שלוש שנים מיום תחילת תוקפה של התוכנית" (שם, פסקה 23), ועל כן הכרה באפשרות לתבוע נתח זה של הפיצוי "משמעה עקיפת תקופת ההתיישנות הקבועה בסעיף 197 לחוק התכנון והבניה באמצעות העלאת 'הגנת יתרת המגרש' בשלב ההפקעה בפועל" (שם). למרות זאת נקבע כי ראוי לתת לבעל המקרקעין פיצוי מלא במקרה שבו מתקבלת ההגנה, היינו גם בגין הפגיעה שנגרמה לחלק שהופקע כבר בגין התכנית שייעדה אותו להפקעה (ומנגד – אם לא מתקבלת ההגנה, אין לאפשר פיצוי בגין החלק שהופקע לפי סעיף 197 לחוק אם תביעה זו התיישנה לפי הסעיף ולא ניתנה הארכה להגשתה על ידי שר הפנים) (שם).
21. נסכם דברינו עד כאן בדבר הדין החל ביחס להגנת היתרה. סעיף 190(א)(1) סיפה נוקט לשון רחבה, שממנה עשוי להשתמע כי כל הפחתה בשווי היתרה עקב הפקעה חלקית של המקרקעין מונעת את ביצוע ההפקעה. עם זאת, הפסיקה צמצמה את הגנת היתרה, וקבעה כי זו תחול רק באותם מקרים שבהם יתרת הקרקע אינה ניתנת לניצול סביר. נוסף על כך נקבע שהגנת היתרה, אם חלה, מחייבת לפצות את הנפקע הן בגין ירידת הערך שארעה בשלב הראשון, שלב התכנית, הן בגין ירידת הערך שנבעה מהשלב השני – שלב ההפקעה. באשר למועד העלאת טענת הגנת היתרה נקבע כי ככלל על הנפקע להעלותה כבר בשלב הפקדת התכנית, אולם ניתן להעלותה גם בשלב ההפקעה – ובלבד שלא יוכח שהנפקע נהג בחוסר תום לב או שעקב שיהוי בהעלאת הטענה נפגע אינטרס הסתמכות מבוסס של הרשות. במקרים אחרונים אלה, כאשר מתקבלת טענת הגנת היתרה שהועלתה בשלב ההפקעה, למעשה יכול להינתן פיצוי לנפקע בגין פגיעה שהסבה התכנית אף במקרים שבהם חלף מועד ההתיישנות לתביעת פיצויים בגין נזק שגרמה התכנית מכוח סעיף 197 לחוק.