3. עוד קודם לכן, ולצורך שיווק הנכס והשבחתו, קידמה הרל"י תכנית חדשה לנכס – תכנית 5946 (להלן: תכנית 5946 או התכנית המופקדת). בין מטרותיה של התכנית המופקדת שינוי יעוד והגדלת מספר הקומות המירבי לבנייה ל-16 קומות מעל קומות תת קרקעיות ותוך הוראות שימור מסוימות אך של חזיתות המבנה. ביום 29.10.2000, היינו לפני פרסום המכרז, החליטה הוועדה המחוזית לתכנון ובנייה מחוז ירושלים (להלן: הוועדה המחוזית) לאשר את הפקדת התכנית בתנאים. במסמכי המכרז צוין כי המדינה אינה מתחייבת כי התכנית המופקדת תאושר. כן הובהר כי הזוכה יהיה רשאי ליזום תכנית אחרת לרבות להגדלת אחוזי הבנייה.
4. התובעת היא חברה פרטית בשליטתו של איש העסקים אילן רג'ואן (להלן: רג'ואן). התובעת הוקמה לשם התמודדות במכרז. ביום 17.2.2002 אישרה ועדת המכרזים של משרד האוצר את זכיית התובעת במכרז. זאת, בהתאם להצעה משופרת שהגישה
--- סוף עמוד 2 ---
התובעת לרכישת הנכס בסך של 10.25 מיליון ₪. התובעת שילמה את התמורה ובהמשך נחתם חוזה פיתוח בין התובעת לבין רמ"י.
5. ביום 7.6.2002, זמן לא רב לאחר זכיית התובעת במכרז, לאחר שהושלמו התנאים שקבעה הוועדה המחוזית, הופקדה תכנית 5946 להתנגדויות הציבור.
6. בתקופה שלאחר מכן התרחשו במקביל התפתחויות בשני מישורים.
במישור אחד, התובעת באמצעות רג'ואן ניסתה לקדם אפשרות להגדלת מספר הקומות כך שתוכל להקים בנכס מגדל בן 24 קומות. התובעת פעלה בעניין זה במעורבות הרל"י ובאה בדברים, בין השאר, עם מתי חותה, יו"ר הוועדה המחוזית (להלן: חותה) ועם גורמים בלשכת התכנון המחוזית ובכלל זה עם מתכננת המחוז, בינת שוורץ (להלן: שוורץ). בין הצדדים יש מחלוקות עובדתיות מסוימות באשר לחלק מהפעולות שנקטה התובעת או שלא נקטה בהקשר זה, באשר לעמדות שהביעו גורמי התכנון ובאשר לשאלת ההיתכנות התכנונית לבנייה לגובה של 24 קומות בנכס, בין השאר נוכח מדיניות הבנייה בירושלים במועדים הרלבנטיים. מכל מקום, בשלבים מסוימים ביקשה התובעת מהוועדה המחוזית לעכב את קידום ההליכים בקשר עם התכנית המופקדת על מנת לאפשר לה לגבש תכנית לבנייה לגובה של 24 קומות.
במישור שני, הוגשו התנגדויות לתכנית המופקדת. בכלל זה הוגשו התנגדויות בשם עשרות תושבים המתגוררים בסמוך לנכס והתנגדות המועצה לשימור מבנים ואתרי התיישבות (להלן: המועצה לשימור אתרים) שעמדה על ערכו ההיסטורי-לאומי-תרבותי של בית פרומין כמשכנהּ הראשון של הכנסת ועל הצורך בשימור מלא שלו. בנוסף – ואת זאת הדגישה התובעת – הגיש יו"ר ועדת הכנסת, ח"כ יוסי כץ, התנגדות לתכנית המופקדת. בהתנגדות ציין כי ועדת הכנסת החליטה לפעול לכך שבית פרומין יוכר כאתר בעל ערך היסטורי ולהתנגד לתכנית המופקדת כצעד ראשון להנצחת בניין הכנסת. כן צוין כי זמן קצר קודם לכן הונחה על שולחן הכנסת הצעת חוק מוזיאון הכנסת, התשס"ב-2002, שהיא הצעת חוק פרטית, אשר ככל שתתקבל תפקיע מאליה את התכנית. על רקע זה ביקש יו"ר ועדת הכנסת מיו"ר הוועדה המחוזית לעכב כל דיון בתכנית לפרק זמן מסוים (מספר חודשים מאוחר יותר נדחתה הצעת חוק זו והיא לא הבשילה לדבר חקיקה).