6. בית המשפט השתכנע כי היה על קונטירה לכלול את עלות הקצאת האופציות בתוך בסיס העלות שממנו חושב הרווח. מסקנה זו נשענה על מספר אדנים: ראשית, הקצאת האופציות לידי עובדי קונטירה נועדה לתמרץ אותם להשקיע בפעילות מחקר ופיתוח עבור קונטירה ובעקיפין עבור קונטירה א'. לכן, ההוצאה בגין הקצאת האופציות היא בגדר הוצאה של קונטירה בייצור הכנסה כמשמעותה בסעיף 17 רישא לפקודה, חרף העובדה כי מי שהקצתה את האופציות בפועל הייתה קונטירה א'; שנית, בית המשפט התחקה אחר אומד דעת הצדדים כפי שעלה מההסכמים בין שתי החברות. לאור האמור בהסכם השירות שנחתם בשנת 2005 והתנהלותן של שתי החברות בעקבותיו, נקבע כי הן הסכימו לכלול את עלות הקצאת האופציות בבסיס העלות שממנו יחושב הרווח. אומנם, בהסכם התיקון שנחתם בשנת 2010 הוסכם על נטרול שווי האופציות, וצוין בו שכך נהוג לבצע עסקאות בשוק גם בין צדדים בלתי קשורים. עם זאת, קונטירה לא הציגה כל תימוכין לכך. על כן, נקבע כי ההסכמה המקורית בין החברות כפי שהתבטאה בהסכם השירות – לכלול את עלות הקצאת האופציות בבסיס העלות לצורך חישוב הרווח – מלמדת על כך שבזמן עריכת הסכם השירות היה נהוג בשוק לכלול את העלות כאמור בעסקאות מסוג קוסט פלוס, ותיקון ההסכם בדיעבד נעשה בעיקרו על מנת להפחית את חבות המס של קונטירה בישראל; שלישית, בית המשפט ציין כי אין חולק כי גם על פי הוראותיו של תקן 24, שאותו יישמה קונטירה בדוחותיה הכספיים, יש להכיר בעלות הקצאת אופציות לעובדים כהוצאה. בית המשפט גם דחה את טענת קונטירה כי לנוכח מגבלות תקן 24, ההוצאה האמיתית שהוצאה בשל הקצאת האופציות הייתה גבוהה יותר מזו שדווחה בפועל. נקבע כי לאור העובדה שקונטירה לא הציגה הערכת שווי סותרת, אין לה להלין אלא על עצמה.
7. ויצוין כי לאחר שפקיד השומה החליט כי ממצאי חֶקֶר תנאי השוק דווקא תומכים בהכללת שווי האופציות בבסיס העלות, המציאה קונטירה חוות דעת נוספת, אשר נערכה גם היא על ידי לוביק (להלן: חוות הדעת השנייה), ולפיה בחינת כ-335 עסקאות שנערכו בין צדדים בלתי קשורים העלתה, כי באף אחת מהן לא נכלל בבסיס העלות שווי הקצאת האופציות. אלא שבית המשפט קבע כי חוות הדעת השנייה אינה רלוונטית לנוכח העובדה שנבחנו על ידי לוביק עסקאות שאינן מסוג קוסט פלוס. על כן, הואיל וקונטירה לא המציאה חקר תנאי שוק רלוונטי לבחינת תנאי השוק בעסקאות מסוג קוסט פלוס – קבע בית המשפט כי אין תחולה במקרה זה לסעיף 85א(ג)(2) לפקודה (המטיל על פקיד השומה את חובת הראיה) ונטל ההוכחה נותר על כתפי קונטירה. משלא הצליחה קונטירה להוכיח שעל פי תנאי השוק אין לכלול את עלות הקצאת האופציות בבסיס העלות, נקבע כי בצדק הוציא המשיב לקונטירה שומה כאמור.