12. כמו כן, בית המשפט הניח בטעות כי ההסכמה המקורית בין שתי החברות הייתה לכלול את שווי האופציות בבסיס העלות, וכי היא שונתה בהסכם התיקון רק בשנות המס הנדונות. מכאן הסיק בית המשפט כי בזמן החתימה על הסכם השירות, היה מקובל בשוק לכלול את העלות האמורה. אלא שלגישת קונטירה, גם הנחה זו שגויה משני טעמים: האחד, כי מטרת הסכם התיקון הייתה להבהיר את ההסכמה המקורית, ולא לשנותהּ. בהקשר זה צוין כי הסכם השירות נחתם בשנת 2005 ורק במהלך שנת 2006 נכנס לתוקפו תקן 24 שהציף את הסוגיה המשפטית בדבר הכללת עלות הקצאת האופציות והוביל לגיבושו של הסכם התיקון; השני, כי שתי החברות מעולם לא יישמו את ההסכמה הנטענת ושווי האופציות לא נכלל בבסיס העלות גם בטרם נחתם הסכם התיקון. יתרה מכך, גם אם בעת החתימה על הסכם השירות החברות התכוונו לכלול את שווי האופציות, כל שנת מס נבחנת בנפרד ואין כל מניעה שהחברות ישנו את הסכמתן בשנות המס שלאחר החתימה על הסכם השירות.
13. לחלופין, נטען כי ככל שעלות הקצאת האופציות תיכלל בבסיס העלות, יש להתיר לקונטירה לנכות הוצאה זו מהכנסתה החייבת. סעיף 102(ד)(2) לפקודה מגביל את ניכוי ההוצאה במועד מימוש האופציה ומכירת המניה מכוחה, אך לא את ניכוי ההוצאה בגין הקצאתה. אי-התרת הניכוי יוביל לכפל מס – מצד אחד, הכרה בשווי האופציות כהוצאה שנכללת בבסיס העלות ומגדילה את הכנסתה החייבת של קונטירה, ומצד שני, אי-התרת אותה הוצאה בניכוי. כך או אחרת, יש להתיר את ניכוי שווי האופציות, גם אם סעיף זה אכן אוסר על ניכוי עלות ההקצאה במסלול רווח הון.
14. אשר לערעור פקיד השומה על שיעור הרווח, קונטירה סמכה ידה על קביעת בית המשפט המחוזי בנדון.
טענות פקיד השומה
15. לטענת פקיד השומה, בצדק קבע בית המשפט המחוזי כי יש לכלול את שווי הקצאת האופציות בבסיס העלות. טענת קונטירה לפיה ההסכמים מלמדים על הסכמת החברות שלא לכלול את שווי האופציות בעסקה, אינה מגובה בראיות. אדרבה, עיון בהסכמים מלמד כי הסכם התיקון אינו בגדר הסכם מבהיר אלא הסכם שנועד לשנות את ההסכמה המקורית רק כדי להפחית את חבות המס בישראל.
16. כן נטען כי בצדק דחה בית המשפט את ממצאי חוות הדעת השנייה. במסגרת חקר תנאי השוק ציין לוביק שהשיטה המתאימה לקביעה האם העסקה הבין-לאומית שנעשתה היא בתנאי שוק, היא זו המעוגנת בתקנה 2(א)(2)(א) לתקנות – שיטת CPM (Comparable Profit Method), המשווה את "שיעור הרווחיות" של העסקה הבין-לאומית הנבחנת לבין שיעור הרווחיות בעסקאות דומות בין צדדים בלתי קשורים. שיטה זו נבחרה כמתאימה לאחר שהוסבר מדוע יתר השיטות הקבועות בתקנות אינן מתאימות במקרה זה. לצורך יישום השיטה והערכת שיעור הרווחיות ההולם, בחר לוביק במדד הרווחיות המעוגן בפסקה (3)(א) להגדרת "שיעור הרווחיות" שבתקנה 1 לתקנות – מדד NCPM (Net Cost Plus Markup), המבטא את היחס בין הרווח התפעולי לבין כלל ההוצאות החשבונאיות, על פי דוחות רווח והפסד. אלא שממצאי חקר תנאי השוק הראשון, שהוגש כאמור על ידי המומחה מטעם קונטירה עצמה, סתרו את עמדתה ותמכו דווקא בגישת פקיד השומה. או אז, קונטירה "הפכה את עורה" והזמינה את חוות הדעת השנייה. דא עקא, חוות דעת זו התבססה על שיטת ההערכה CUP (Comparable Uncontrolled Price) אשר התאמתה לנסיבות המקרה נשללה באופן מפורש במסגרת חקר תנאי השוק הראשון שנערך על ידי לוביק.